Zoektocht naar antibiotica krijgt boost door nieuwe software

Onderzoek & Wetenschap 27/11/2019 12:06:17

De Wageningse universiteit kan sneller naar nieuwe antibiotica zoeken doordat duizenden genomen van een antibiotica-producerend organisme tegelijk zijn te analyseren en in kaart te brengen.

Lees hieronder verder   
Verwant

Antivirale coating beschermt tegen COVID-19

Eerste protonentherapie in UZ Leuven uitgevoerd

Innoviris investeert 2 miljoen euro in Axiles Bionics en VUB-BruBotics

Eye-Robot wint de Belgische James Dyson Award 2020

Bliksemsnelle 3D-bioprinter voor ziektemodellen

Slimme contactlens met artificiële iris voorgesteld

>> Meer verwant nieuws
Carrièrekansen (meer)
Agenda

Postgraduaat Corporate Finance

Leuven

van 2/10/2020 tot 6/03/2021

Postgraduaat Mens- en Milieuvriendelijk Bouwen en Wonen

Gent

van 6/10/2020 tot 29/06/2021

METAV Web Sessions: innovation

online

van 6/10/2020 tot 7/10/2020

Modular software performance

B&R Webinar

dinsdag 6 oktober 2020

Techni-Mat

Kortrijk Xpo

van 7/10/2020 tot 8/10/2020

Stoomtechniekdag 2020

Antwerp Expo

woensdag 7 oktober 2020

Keuze van de redactie

(28/9) Brent Tirry en Kiefer Moyaert winnen Vlaamse STEM-Olympiade 2020

(28/9) VUB-onderzoeker test lichtgewicht gevelsysteem

(24/9) 8 finalisten strijden nog om Vlaamse PhD Cup 2020

(24/9) Caeleste en FAM winnen Leeuw van de Export 2020

(22/9) 10 actiepunten boosten innovatie- en groeipotentieel biotechsector

(21/9) Agoria Solar Team wint Europese Solar Challenge 2020

>> Meer blikvangers

ENGINEERINGNET.BE - De meeste antibiotica zijn gebaseerd op stofjes gemaakt door bacteriën en schimmels. Zij zetten deze moleculen in om zich te beschermen tegen hun natuurlijke vijanden.

Onderzoekers gebruiken deze afweerstoffen vervolgens als nieuwe antibiotica. Hoewel de afgelopen decennia tienduizenden microbiële stofjes zijn ontdekt, is dat slechts een klein deel van de potentiële moleculen dat nog ontdekt kan worden.

Meer kennis van de diversiteit aan chemische structuren van deze zogeheten microbiële metabolieten is essentieel bij de ontwikkeling van antibiotica, antikankermedicijnen, maar bijvoorbeeld ook voedingssupplementen.

'Onze software BiG-SCAPE en CORASON neemt onderzoekers een hoop werk uit handen,' aldus Marnix Medema, universitair docent Bioinformatica. 'Er zijn honderdduizenden bacteriële genomen gesequenced (de DNA-code bepaald), en voor wetenschappers is het erg moeilijk om de onontgonnen metabole diversiteit in kaart te brengen en te weten welke in het laboratorium verder onderzocht moeten worden.'

De software helpt bij genome mining. Tot voor kort kon dit alleen op individuele genomen worden toegepast. Dit kostte veel tijd en stond een snelle uitbreiding van bijvoorbeeld het aantal beschikbare antibiotica in de weg.

Medema: 'Met onze softwareprogramma's kun je data van grote groepen genomen automatisch analyseren. Daardoor is het mogelijk om razendsnel de diversiteit aan biosynthetische routes in duizenden genomen tegelijk in kaart te brengen door ze met behulp van netwerkanalyse te groeperen in families en hun evolutionaire verwantschappen te ontrafelen.'

Dit heeft grote potentie voor het ontdekken van nieuwe medicinale stoffen, omdat met de software een enorme diversiteit van natuurlijke moleculen gevonden en getest kan worden om bijvoorbeeld de beste antibiotica te vinden.

In samenwerking met Amerikaanse onderzoekers hebben de onderzoekers dit succesvol toegepast om een wijdverbreide familie biosynthetische routes naar moleculen die bacteriën beschermen tegen antibiotica systematisch in kaart te brengen. << (Lydia Heida) (foto: ssilver - 123RF)

Reageren
Abonneer op onze nieuwsbrief

Mis ook dit niet...

VUB-onderzoeker test lichtgewicht gevelsysteem

Dr. Matthias De Munck, onderzoeker aan de VUB, heeft voor zijn doctoraatsonderzoek het gebruik van een nieuw soort lichtgewicht gevelpanelen met een dikke isolatielaag onderzocht.

ABISS2020 wordt grootste digitale oefening ooit

‘De grootste digitale training ooit’, zo omschrijft digitaal expert Steven Van Belleghem de coronacrisis: “Ik verwacht dat we deze periode later benoemen als the golden age of digital.”

Lithiumaccu’s sneller op te laden dankzij meer nanokanaaltjes

Niobium-wolfraam-oxide fungeert als elektrode in li-ion batterijen. Door hier een nanostructuur op aan te brengen, komen er meer wegen vrij voor lithium ionen, aldus onderzoek van UTwente.

E-fuels van belang bij verduurzaming zwaar transport

Synthetische methanol, -diesel en -LNG zijn voor wegtransport over lange afstand en de scheepvaart de meest geschikte opties, aldus onderzoek van onder meer VoltaChem, TNO en SmartPort.

Bedrijven investeren miljoenen euro’s in hergebruik van CO2 in North Sea Port

Alco Bio Fuel (ABF), Messer Benelux en IJsfabriek Strombeek investeren samen 10 miljoen euro in een tweede 'recovery unit' voor koolstofdioxide, gevestigd bij Alco Bio Fuel in North Sea Port.

Bouwsector lanceert eerste sector-overschrijdende ethische code

We gaan vandaag heel anders met elkaar om dan vroeger, zowel privé als op de werkvloer. Om hieraan tegemoet te komen, ondertekenen verschillende partners uit de bouwsector een ethische code.

8 finalisten strijden nog om Vlaamse PhD Cup 2020

Tijdens de halve finale van de Vlaamse PhD Cup 2020 streden nog 16 onderzoekers om een felbegeerd finaleticket in de wacht te slepen. Hiervan gaan er nog 8 door naar de finale op 6 oktober.

Microplastics hopen zich op in zee

Tegen 2100 kan 69% van het wateroppervlak van de Middellandse Zee en 54% van het oppervlak van de Gele Zee vervuild zijn met microplastics, aldus een studie van onder meer VLIZ en UGent.

Yokogawa lanceert nieuwe generatie Mixed Signal Oscilloscope

De DLM5000 is een nieuwe generatie mixed-signal-oscilloscoop met opties voor vier of acht analoge ingangen en werd ontworpen om uiterst aanpasbaar en flexibel te zijn. Met opnieuw ontworpen hardware biedt de DLM5000 belangrijke verbeteringen in zowel prestaties als bruikbaarheid. Het is de opvolger het DLM4000-model. >>

Partners