DNA analyses mogelijk in minder dan zes uur

Bedrijfsnieuws 2/10/2020 10:19:06

Imec realiseert een nieuwe doorbraak in big-data-gebaseerde DNA-analyses. Dankzij de nieuwste versie van haar software, genaamd elPrep5, kunnen resultaten nu 8 tot 16 keer sneller volgen.

Lees hieronder verder   
Verwant

Ruim 8 miljoen euro voor 12 innovatieve COOCK-projecten

imec wipt over de terahertzgap - artikel

Nieuwe drone voor verbeteren veerkracht wegeninfrastructuur

Autobouwer ontwikkelt lichte voertuigen dankzij ruimtevaarttechnologie

Ontwikkeling goedkope, printbare sensoren in stroomversnelling

Europa financiert “PhotonHub Europe” met 19 miljoen euro

>> Meer verwant nieuws
Carrièrekansen (meer)
Agenda

Electrical Safety in Industrial Installations

Pilz Academy - Herentals

woensdag 2 december 2020

Logistiek Manager als Logistiek Auditor

IMF Academy (centraal Nederland)

van 3/12/2020 tot 17/12/2020

Energy Mission Webinar

online event

donderdag 3 december 2020

Safety validation training

Pilz Academy - Herentals

donderdag 3 december 2020

Overdrukbeveiliging en veiligheidskleppen

Het ingenieurshuis - Antwerpen

van 7/12/2020 tot 10/12/2020

Wire

Messe Düsseldorf

van 7/12/2020 tot 11/12/2020

Keuze van de redactie

(24/11) Autobekledingsbedrijf wordt producent van mondmaskers

(23/11) Nederlandse studenten ontwikkelen oven voor recyclage e-waste

(19/11) Proximus, SkeyDrone en DroneMatrix ontwikkelen drone-platform

(18/11) 600.000 euro voor 25 innovatieve West-Vlaamse samenwerkingsprojecten

(12/11) Flanders Make ontwikkelt eerste zelfrijdende tractor

(9/11) 430.000 euro steun voor project rond hergebruik van CO2, plastics en water

>> Meer blikvangers

ENGINEERINGNET.BE - Dankzij elPrep5 kunnen de gigabytes aan data uit DNA stalen nu in enkele uren tijd informatie opleveren over mogelijke genetische afwijkingen.

Dat is 8 tot 16 keer sneller dan met de meest gangbare software en kan op een klassieke server uitgevoerd worden. Het opent daarmee mogelijkheden voor hospitalen om zelf dergelijke analyses uit te voeren in plaats van ze uit te moeten besteden aan gespecialiseerde analyselabo’s.

DNA analyse bestaat ruwweg uit twee delen. Ten eerste het omzetten van een fysiek DNA staal in een digitale reeks ‘letters’ (baseparen) waaruit het DNA is opgebouwd. Ten tweede het analyseren van die digitale DNA gegevens om bijvoorbeeld te kijken of er genetische afwijkingen in optreden.

In dit hele proces wordt de fysieke DNA streng in stukjes geknipt en vermenigvuldigd. Het digitaliseren ervan (sequencen) levert Gigabites aan data op waaruit de oorspronkelijke streng dan weer moet opgebouwd worden om hem vervolgens te kunnen controleren op afwijkingen (in technische termen ook wel variant calling genoemd). Een complex proces wat veel rekenkracht en big-data analysemethodes vraagt.

imec realiseert nu een grootteorde tijdswinst ten opzichte van diezelfde genome analysis toolkit (GATK) standaard door in elPrep5 ook de laatste stap, variant calling, te automatiseren.

Een volledig genoom analyseren kan hierdoor in minder dan zes uur in plaats van twee dagen. Uitgebreide testen tonen aan dat deze software in die veel kortere termijn een identieke uitkomst oplevert als GATK. << (Guy Leysen) (foto: natalimis - 123RF)

Reageren
Abonneer op onze nieuwsbrief

Mis ook dit niet...

Licht verstrooien met ’geconcentreerde willekeur’

UTwente heeft met precisie 3D printing een lichtverstrooier op microschaal gebouwd die random is maar toch gecontroleerd, om zo te zien hoe licht door een object beweegt.

Ook sleutel Tesla Model X slecht beveiligd

Onderzoekers van COSIC* hebben ernstige beveiligingsproblemen ontdekt in de draadloze autosleutel van de Tesla Model X. Eerder hackten ze al de sleutel van de Tesla Model S.

Nederlandse studenten ontwikkelen oven voor recyclage e-waste

Team CORE van de Nederlandse Technische Universiteit presenteerde onlangs zijn R&D-oven voor het recyclen van e-waste, ofwel elektronisch afval, met als doel een efficiënte recyclage.

Rent-All optimaliseert logistieke processen van verhuuritems

RFID-integrator Aucxis implementeerde een automatisch detectiesysteem bij verhuurbedrijf Rent-All. Laadlijsten worden sneller en foutloos afgewerkt, en er zijn geen naleveringen meer nodig.

Remote sensing ingezet voor meten buigzaamheid gewassen

PhD-student Sugandh Chauhan van UTwente toonde een nieuwe, op remote sensing gebaseerde benadering aan om de gevoeligheid voor legeren, ofwel buigen, van gewassen in kaart te brengen.

Supercomputer helpt NASA-onderzoek naar maanmissie’s

De supercomputer biedt krachtige modellerings- en simulatiemogelijkheden ter ondersteuning van kritisch onderzoek voor een veilige en succesvolle ruimtevlucht naar de maan tegen 2024.

‘Women in tech’ coachingtraject zet in op meer vrouwelijke ondernemers

Momenteel heeft 53% van laatste lichting start-ups bij Start it @KBC een vrouwelijke founder. Het sein voor de accelerator om door te zetten en nog meer vrouwen aan te spreken.

Predictive twins oplossing voor uitdagingen in de bouw

De bouw- en infrasector is bezig met grote vervangings- en renovatieprojecten, en circulair en energieneutraal bouwen. TNO stelt dat voorspellende digitale replica's hierbij kunnen helpen.

xiros film geleiderol voor labellingtechnologie is smeermiddelvrij

Zwarte geleiderol met soepel lopende polymeer kogellagers bespaart tot wel 48% gewicht en 42% massatraagheid. De nieuwe zwarte geleiderol van igus biedt nu een echte sensatie op het gebied van verpakkings- en labellingtechnologie. Het installatieklare systeem overtuigt niet alleen visueel, maar ook technisch. >>

Partners