DNA analyses mogelijk in minder dan zes uur

Bedrijfsnieuws 2/10/2020 10:19:06

Imec realiseert een nieuwe doorbraak in big-data-gebaseerde DNA-analyses. Dankzij de nieuwste versie van haar software, genaamd elPrep5, kunnen resultaten nu 8 tot 16 keer sneller volgen.

Lees hieronder verder   
Verwant

Nederland krijgt nieuw fotonica innovatiecentrum

Onderzoek VIB-UGent onthult hoe planten temperatuur­stijgingen waarnemen

Onderzoeker haalt chitine uit garnalenpellen en krabbenschalen

2D geheugen van magnetisch grafeen

Onderliggende proces bij scherven ontdekt

Onderzoekers maken levend materiaal op basis van algen

>> Meer verwant nieuws
Carrièrekansen (meer)
Agenda

Kennismanagement

online via Zoom

van 17/06/2021 tot 24/06/2021

Samenwerken met BIM - Stadhuis Roeselare

Online ORI webinar

maandag 21 juni 2021

Automatica Sprint

Messe München

van 22/06/2021 tot 24/06/2021

Waterstofconferentie Vlaanderen

Antwerpen

dinsdag 22 juni 2021

Werken na Corona

ORI webinar

vrijdag 25 juni 2021

StocExpo

Antwerp Expo

van 29/06/2021 tot 1/07/2021

Keuze van de redactie

(14/6) VIL-tool helpt bedrijven bij technologiekeuze

(14/6) 500 sensoren monitoren aardappelteelt

(10/6) Vlaams onderzoeksschip goedgekeurd voor gestandaardiseerde metingen CO2

(9/6) Port of Antwerp maakt eerste kandidaten voor NextGen District bekend

(7/6) Maakt of kraakt de pandemie nu carrières van techvrouwen? - artikel

(7/6) Umicore benoemt Mathias Miedreich tot nieuwe CEO

>> Meer blikvangers

ENGINEERINGNET.BE - Dankzij elPrep5 kunnen de gigabytes aan data uit DNA stalen nu in enkele uren tijd informatie opleveren over mogelijke genetische afwijkingen.

Dat is 8 tot 16 keer sneller dan met de meest gangbare software en kan op een klassieke server uitgevoerd worden. Het opent daarmee mogelijkheden voor hospitalen om zelf dergelijke analyses uit te voeren in plaats van ze uit te moeten besteden aan gespecialiseerde analyselabo’s.

DNA analyse bestaat ruwweg uit twee delen. Ten eerste het omzetten van een fysiek DNA staal in een digitale reeks ‘letters’ (baseparen) waaruit het DNA is opgebouwd. Ten tweede het analyseren van die digitale DNA gegevens om bijvoorbeeld te kijken of er genetische afwijkingen in optreden.

In dit hele proces wordt de fysieke DNA streng in stukjes geknipt en vermenigvuldigd. Het digitaliseren ervan (sequencen) levert Gigabites aan data op waaruit de oorspronkelijke streng dan weer moet opgebouwd worden om hem vervolgens te kunnen controleren op afwijkingen (in technische termen ook wel variant calling genoemd). Een complex proces wat veel rekenkracht en big-data analysemethodes vraagt.

imec realiseert nu een grootteorde tijdswinst ten opzichte van diezelfde genome analysis toolkit (GATK) standaard door in elPrep5 ook de laatste stap, variant calling, te automatiseren.

Een volledig genoom analyseren kan hierdoor in minder dan zes uur in plaats van twee dagen. Uitgebreide testen tonen aan dat deze software in die veel kortere termijn een identieke uitkomst oplevert als GATK. << (Guy Leysen) (foto: natalimis - 123RF)

Reageren
Abonneer op onze nieuwsbrief

Mis ook dit niet...

Verbeterde membranen voor blauwe energie

Met positief en negatief geladen zoutionen in rivier- en zeewater kun je energie opwekken via speciale membranen. TU Eindhoven ontwikkelde technologie om dit proces te verbeteren.

Betonprinters en metselrobots: opmars van automatisering in bouw - artikel

Op Kamp C in Westerlo heeft de grootste 3D-betonprinter van Europa vorig jaar in één stuk een volledig huis met verdieping geprint. Dat was een wereldprimeur.

CTG lanceert zomerklassen om IT basiskennis bij te brengen

IT-dienstenleverancier CTG lanceert zomerklassen om alle werknemers (van HR-verantwoordelijke tot boekhouder) basisvaardigheden aan te leren om IT-systemen en softwareprogramma’s te testen.

Trends in de maakindustrie in kaart gebracht

Dewi Van De Vyver, CEO van Flow Pilots, en Carine Lucas van technologiefederatie Agoria nemen de belangrijkste digitale trends binnen de maakindustrie onder de loep.

Nieuwe investering versnelt test voor vroege kankerdiagnose

De Nederlandse WUR spin-off Surfix ontvangt 8,5 miljoen euro voor de ontwikkeling van nanocoatings voor biosensoren die buiten het lichaam biologisch materiaal kunnen meten.

Vlaanderen onderzoekt uitrol Hyperloop netwerk

Onze Vlaamse industrie en universiteiten kunnen hier mee koploper zijn. Daarom heeft minister Crevits de opdracht gegeven aan VIL om te onderzoeken wat de mogelijkheden in Vlaanderen zijn.

Toegang op maat met modulair heksysteem

Elke toepassing stelt andere eisen aan het veiligheidsconcept. De keuze varieert dan ook. Denk bijvoorbeeld aan het beveiligen van gevarenzones met veilig­heids­heksys­temen.

Basware behaalt ISO 9001:2015-certificering

Het Basware quality management system is gecertificeerd volgens de ISO 9001:2015-norm, de meest algemeen erkende internationale norm voor kwaliteitsmanagement.

AI-functionaliteit voor Kontron KBox A-203-AI-GC

Kontron gaat zijn AI-platform ook beschikbaar stellen als een KBox-pc op basis van een Intel Atom x7-E3950-processor. De KBox is gebruiksklaar en kan direct geïntegreerd worden in bestaande X86-landschappen om snel en efficiënt eigen toepassingsscenario's rond Machine Learning en Artificial Intelligence te implementeren. >>

Partners