DNA analyses mogelijk in minder dan zes uur

Bedrijfsnieuws 2/10/2020 10:19:06

Imec realiseert een nieuwe doorbraak in big-data-gebaseerde DNA-analyses. Dankzij de nieuwste versie van haar software, genaamd elPrep5, kunnen resultaten nu 8 tot 16 keer sneller volgen.

Lees hieronder verder   
Verwant

STEREO III-project MUZUBI: vulkaanrisico bepalen met interferometrie

Onderzoek: dunne plastics synchroniseren hun schommeling

Nieuw mondiaal dataplatform koppelt genetische en metabole data

Vlaanderen investeert jaarlijks vijf miljoen euro in Open Science

Cryomodules ontwikkeld voor onderzoeksreactor MYRRHA

Ruim 8 miljoen euro voor 12 innovatieve COOCK-projecten

>> Meer verwant nieuws
Carrièrekansen (meer)
Agenda

Decanteercentrifuges

Online

van 9/03/2021 tot 10/03/2021

Belgian Offshore Days

Ostend Sea P’lace

van 17/03/2021 tot 18/03/2021

Ventilatie van gebouwen in de strijd tegen COVID-19

Live Webinar

dinsdag 23 maart 2021

Panel Building. Made Smarter

Online event

dinsdag 23 maart 2021

METAV Digital

online

van 23/03/2021 tot 26/03/2021

EEX-ATEX

Online cursus IE-net

van 30/03/2021 tot 31/03/2021

Keuze van de redactie

(5/3) Computersimulaties in 4D maken hartchirurgie veiliger

(3/3) Windparken profiteren van sterke stroming in lagere atmosfeer

(2/3) Lockheed Martin gunt Feronyl contract binnen het F-35 programma

(1/3) Start bouw allereerste Vlaamse opleidingscentrum voor farma en biotech

(25/2) Nieuw platform biedt correctere berekening CO2-voetafdruk

(25/2) ABO-Group neemt Frans sonisch boorbedrijf over

>> Meer blikvangers

ENGINEERINGNET.BE - Dankzij elPrep5 kunnen de gigabytes aan data uit DNA stalen nu in enkele uren tijd informatie opleveren over mogelijke genetische afwijkingen.

Dat is 8 tot 16 keer sneller dan met de meest gangbare software en kan op een klassieke server uitgevoerd worden. Het opent daarmee mogelijkheden voor hospitalen om zelf dergelijke analyses uit te voeren in plaats van ze uit te moeten besteden aan gespecialiseerde analyselabo’s.

DNA analyse bestaat ruwweg uit twee delen. Ten eerste het omzetten van een fysiek DNA staal in een digitale reeks ‘letters’ (baseparen) waaruit het DNA is opgebouwd. Ten tweede het analyseren van die digitale DNA gegevens om bijvoorbeeld te kijken of er genetische afwijkingen in optreden.

In dit hele proces wordt de fysieke DNA streng in stukjes geknipt en vermenigvuldigd. Het digitaliseren ervan (sequencen) levert Gigabites aan data op waaruit de oorspronkelijke streng dan weer moet opgebouwd worden om hem vervolgens te kunnen controleren op afwijkingen (in technische termen ook wel variant calling genoemd). Een complex proces wat veel rekenkracht en big-data analysemethodes vraagt.

imec realiseert nu een grootteorde tijdswinst ten opzichte van diezelfde genome analysis toolkit (GATK) standaard door in elPrep5 ook de laatste stap, variant calling, te automatiseren.

Een volledig genoom analyseren kan hierdoor in minder dan zes uur in plaats van twee dagen. Uitgebreide testen tonen aan dat deze software in die veel kortere termijn een identieke uitkomst oplevert als GATK. << (Guy Leysen) (foto: natalimis - 123RF)

Reageren
Abonneer op onze nieuwsbrief

Mis ook dit niet...

Vlaanderen op tweede plek in Europees innovatieonderzoek

Het laatste Europese innovatieonderzoek toont dat de innovatiegraad in Vlaanderen voor 2016-2018 rond de 70% ligt. Daarmee behoort Vlaanderen tot de Europese top, enkel Estland doet beter.

Kunstmatige intelligentie: nieuwer is niet altijd beter - opinie

Wat triggert kopersverdriet? Sommigen voelen het al na enkele seconden na een impulsaankoop. We maakten het allemaal wel eens mee, maar dat maakt het er niet minder pijnlijk op.

Automatiseer met één voordelige kickstart

Heeft u weinig of geen ervaring? De SIMATIC S7-1200-starterkit is makkelijk, snel, compact en kostenefficiënt en bevat alle benodigde componenten om succesvol te automatiseren.

Opheffing moratorium leidt voorlopig niet tot meer faillissementen

Tijdens de maand februari 2021 gingen er 540 bedrijven failliet, een daling met 43% tegenover 2020. Januari en februari samengeteld toont 999 faillissementsuitspraken of 49,4% minder.

Project: software robots om administratieve routinetaken over te nemen

Het gebruik van databots, een toepassing van Robotic Process Automation (RPA), heeft het potentieel om automatisering snel en goedkoop toe te passen. VIL wil dit onderzoeken.

Start bouw allereerste Vlaamse opleidingscentrum voor farma en biotech

ViTalent en POM Antwerpen hebben het startschot gegeven voor bouw van allereerste opleidingscentrum voor farma en biotech in Vlaanderen. Vanaf begin 2022 worden opleidingen op maat aangebode

Watson-Marlow en Bredel vanaf nu onder één dak

De Watson-Marlow Fluid Technology Group (WMFTG) verzorgt vanaf nu de directe verkoop, de ondersteuning en de service van de industriële Bredel slangenpompen.

‘The 7 Transformations Experience’ - column

Hoe groot of klein ze ook is, en ongeacht de menselijke en financiële middelen waarover ze beschikt, uw onderneming is in staat om te evolueren. 'The 7 Transformations Experience' helpt.

Flexim lanceert nieuwe ultrasone flowmeters voor stoom

Met de FLUXUS ST en FLUXUS ST-HT serie kan verzadigde stoom gemeten worden zonder inbreng van sensors in de leiding of het openen van de leiding. Ook het verjongen van de leidingdiameters is niet langer nodig om de stoomsnelheid te verhogen voor het toe te passen meetprincipe, want de flow kan al gemeten worden vanaf 1cm/s.

Partners