Genetische code SARS-CoV-2 snel op te sporen via deep-learning

Onderzoek & Wetenschap 12/01/2021 16:36:35

Een internationaal team ontwikkelde een deep learning methode om een uniek stukje van de genetische code van SARS-CoV-2 te identificeren, voor sneller en nauwkeuriger testen.

Lees hieronder verder   
Verwant

Nieuwe biosensor regelt automatische medicijndosering

Robotchirurgie met een nieuw magnetisch systeem

Genetische code SARS-CoV-2 snel op te sporen via deep-learning

Arteriële regeneratieve prothesen stap dichterbij

MegaBodies verbeteren Cryo-EM op VUB campus

VITO krijgt Europese accreditatie voor testen mondmaskers

>> Meer verwant nieuws
Carrièrekansen (meer)
Agenda

Handhaving van octrooirechten

Het Ingenieurshuis - Antwerpen

van 26/01/2021 tot 14/12/2021

New dimensions of adaptive manufacturing

B&R online event

woensdag 27 januari 2021

Alternatief fossiele brandstof voor stoomproductie

Webinar

vrijdag 29 januari 2021

Postgraduaat Vastgoedkunde

Leuven of Kortrijk

van 4/02/2021 tot 10/12/2021

Toekomst federaal energiebeleid

Webinar

woensdag 10 februari 2021

'Digital Twin' versterkt maakindustrie?

Online event

vrijdag 12 februari 2021

Keuze van de redactie

(19/1) Gimv verkoopt telecomspecialist OTN Systems

(19/1) VINCI Energies heeft Legendre Conveyors overgenomen

(15/1) Campine start nieuwe antimoonrecyclage

(14/1) Solvay lanceert waterstofplatform

(12/1) Zinksmelter Nyrstar installeert reuzenbatterij voor energieopslag

(11/1) Slimme radar in Gentse haven laat optimaal gebruik windturbines toe

>> Meer blikvangers

ENGINEERINGNET.BE - Wetenschappers uit Nederland, Frankrijk en Mexico hebben in publiek beschikbare datasets van genetische code van SARS-CoV-2 een stukje RNA gevonden dat kenmerkend is voor dit specifieke coronavirus, en dat niet aanwezig is in andere coronavirussen of andere humane virussen.

Data scientist dr. Alejandro Lopez-Rincon van UUtrecht initieerde het onderzoek. “Het zijn 21 letters in een lange rij van 30.000 letters van het virus, die de computer geïdentificeerd heeft.”

Het team ontwikkelde vervolgens een zogenaamde primerset – ‘Utrecht U’ genoemd – die in de moleculaire PCR-test gebruikt kan worden om dit specifieke stukje RNA van SARS-CoV-2 te meten.

Met de nieuwe methode zijn ook sneltesten te ontwikkelen die bekende mutaties van het virus opsporen. Lopez-Rincon: “Afgelopen week is het ons in 16 uur tijd gelukt om ook van B.1.1.7 SARS-CoV-2, beter bekend als de ‘Britse variant’, een uniek stukje van de genetische code te vinden en daarvoor een primerset te ontwerpen."

"Deze primerset zou verder onderzocht en gevalideerd kunnen worden om zo onderscheid te kunnen maken tussen de huidige en deze nieuwe, besmettelijkere variant van SARS-CoV2.

Inmiddels is de receptuur voor de primerset waarmee in een PCR-test het gemuteerde virus te meten is, online beschikbaar gesteld. Labs in het VK, Canada en Pakistan hebben laten weten dat ze de Britse variant van het virus met de nieuwe primerset gaan vaststellen.

Voor het ontwikkelen van de methode werkten de wetenschappers met genetische virale datasets van ruim 550 personen die waren geïnfecteerd met een coronavirus, inclusief SARS-CoV-2.

De methode is nu volledig geautomatiseerd: vanaf nu kunnen ze op basis van datasets met virale sequenties van slechts enkele tientallen personen een uniek stukje van de genetische code van een nieuw virus identificeren en specifieke primersets ontwerpen voor PCR-testen.

Uiteraard moeten de nieuw ontworpen specifieke primersets eerst getest worden op goed gevalideerde monsters van geïnfecteerde mensen. << (Lydia Heida) (foto: drmicrobe - 123RF)

Reageren
Abonneer op onze nieuwsbrief

Mis ook dit niet...

Spin van elektronen in quantumdots bruikbaar als bit voor quantumcomputer?

TU Eindhoven onderzocht of de spin van elektronen in quantumdots is te manipuleren door de quantumdot in een nanodraad te onderwerpen aan trekkrachten, voor gebruik in quantumcomputers.

Hugo Thienpont wint SPIE Gold Medal Award

VUB-professor Hugo Thienpont, vicerector Innovatie- en Valorisatiebeleid en onderzoeksdirecteur van de VUB-onderzoeksgroep B-PHOT Brussels Photonics heeft de SPIE Gold Medal 2021 gewonnen.

Nieuwe materietoestand ontdekt: vloeibaar glas

Een internationaal onderzoeksteam heeft een nieuwe materietoestand ontdekt, namelijk vloeibaar glas, met structuureigenschappen die tot nu toe niet eerder zijn waargenomen.

Solvay lanceert waterstofplatform

In dit waterstofplatform gaat Solvay alle innovatie binnen het bedrijf samenbrengen voor de opkomende waterstofeconomie. Het gaat hierbij zowel om materiële als chemische oplossingen.

Biotechnologen bouwen kunstmatig chromosoom in gist

TU Delft onderzoekers kunnen het kunst­chromosoom gebruiken om gistcellen om te bouwen tot levende fabriekjes die in staat zijn om nuttige chemicaliën en zelfs medicijnen te produceren.

Mark Beunk is nieuwe general manager bij Kaspersky Benelux en Nordics

Mark Beunk zal als general manager bij Kaspersky toezicht houden op de verkoop en activiteiten in België, Nederland, Luxemburg, Zweden, Noorwegen, Denemarken, Finland en IJsland.

Robotchirurgie met een nieuw magnetisch systeem

UTwente gaat een systeem ontwikkelen voor magnetisch aangedreven robotchirurgie. Dit biedt een handiger en nauwkeuriger alternatief voor tendon-aangedreven of handmatige instrumenten.

Verbindende factor vernieuwde proceslijn Feed Design Lab

Feed Design Lab, het praktijkonderzoek & educatiecentrum voor innovatie en verduurzaming van de diervoerindustrie, heeft zijn vernieuwde proeffabriek in gebruik genomen.

B&R vereenvoudigt het beheer van gebruikersgroepen

B&R heeft het centrale gebruikersbeheer op fabrieksniveau vereenvoudigd. Met de mapp UserX softwaremodule is het nu mogelijk diensten op basis van LDAP (Lightweight Directory Access Protocol) te gebruiken om gecentraliseerd beheer van gebruikers en -groepen te implementeren. Bijvoorbeeld met behulp van Active Directory van Microsoft. >>

Partners