Genetische code SARS-CoV-2 snel op te sporen via deep-learning
Onderzoek & Wetenschap 12/01/2021 16:36:35
Een internationaal team ontwikkelde een deep learning methode om een uniek stukje van de genetische code van SARS-CoV-2 te identificeren, voor sneller en nauwkeuriger testen.
Nieuwe biosensor regelt automatische medicijndosering
Robotchirurgie met een nieuw magnetisch systeem
Genetische code SARS-CoV-2 snel op te sporen via deep-learning
Arteriële regeneratieve prothesen stap dichterbij
MegaBodies verbeteren Cryo-EM op VUB campus
VITO krijgt Europese accreditatie voor testen mondmaskers
>> Meer verwant nieuwsHandhaving van octrooirechten
Het Ingenieurshuis - Antwerpen
van 26/01/2021 tot 14/12/2021
New dimensions of adaptive manufacturing
B&R online event
woensdag 27 januari 2021
Alternatief fossiele brandstof voor stoomproductie
Webinar
vrijdag 29 januari 2021
Postgraduaat Vastgoedkunde
Leuven of Kortrijk
van 4/02/2021 tot 10/12/2021
Toekomst federaal energiebeleid
Webinar
woensdag 10 februari 2021
'Digital Twin' versterkt maakindustrie?
Online event
vrijdag 12 februari 2021
(19/1) Gimv verkoopt telecomspecialist OTN Systems
(19/1) VINCI Energies heeft Legendre Conveyors overgenomen
(15/1) Campine start nieuwe antimoonrecyclage
(14/1) Solvay lanceert waterstofplatform
(12/1) Zinksmelter Nyrstar installeert reuzenbatterij voor energieopslag
(11/1) Slimme radar in Gentse haven laat optimaal gebruik windturbines toe
>> Meer blikvangersENGINEERINGNET.BE - Wetenschappers uit Nederland, Frankrijk en Mexico hebben in publiek beschikbare datasets van genetische code van SARS-CoV-2 een stukje RNA gevonden dat kenmerkend is voor dit specifieke coronavirus, en dat niet aanwezig is in andere coronavirussen of andere humane virussen.
Data scientist dr. Alejandro Lopez-Rincon van UUtrecht initieerde het onderzoek. “Het zijn 21 letters in een lange rij van 30.000 letters van het virus, die de computer geïdentificeerd heeft.”
Het team ontwikkelde vervolgens een zogenaamde primerset – ‘Utrecht U’ genoemd – die in de moleculaire PCR-test gebruikt kan worden om dit specifieke stukje RNA van SARS-CoV-2 te meten.
Met de nieuwe methode zijn ook sneltesten te ontwikkelen die bekende mutaties van het virus opsporen. Lopez-Rincon: “Afgelopen week is het ons in 16 uur tijd gelukt om ook van B.1.1.7 SARS-CoV-2, beter bekend als de ‘Britse variant’, een uniek stukje van de genetische code te vinden en daarvoor een primerset te ontwerpen."
"Deze primerset zou verder onderzocht en gevalideerd kunnen worden om zo onderscheid te kunnen maken tussen de huidige en deze nieuwe, besmettelijkere variant van SARS-CoV2.
Inmiddels is de receptuur voor de primerset waarmee in een PCR-test het gemuteerde virus te meten is, online beschikbaar gesteld. Labs in het VK, Canada en Pakistan hebben laten weten dat ze de Britse variant van het virus met de nieuwe primerset gaan vaststellen.
Voor het ontwikkelen van de methode werkten de wetenschappers met genetische virale datasets van ruim 550 personen die waren geïnfecteerd met een coronavirus, inclusief SARS-CoV-2.
De methode is nu volledig geautomatiseerd: vanaf nu kunnen ze op basis van datasets met virale sequenties van slechts enkele tientallen personen een uniek stukje van de genetische code van een nieuw virus identificeren en specifieke primersets ontwerpen voor PCR-testen.
Uiteraard moeten de nieuw ontworpen specifieke primersets eerst getest worden op goed gevalideerde monsters van geïnfecteerde mensen. << (Lydia Heida) (foto: drmicrobe - 123RF)