Genetische code SARS-CoV-2 snel op te sporen via deep-learning

Onderzoek & Wetenschap 12/01/2021 16:36:35

Een internationaal team ontwikkelde een deep learning methode om een uniek stukje van de genetische code van SARS-CoV-2 te identificeren, voor sneller en nauwkeuriger testen.

Lees hieronder verder   
Verwant

Kunstmatige intelligentie zoekt nieuwe antibiotica

Nieuwe biosensor regelt automatische medicijndosering

Robotchirurgie met een nieuw magnetisch systeem

Genetische code SARS-CoV-2 snel op te sporen via deep-learning

Arteriële regeneratieve prothesen stap dichterbij

MegaBodies verbeteren Cryo-EM op VUB campus

>> Meer verwant nieuws
Carrièrekansen (meer)
Agenda

Handhaving van octrooirechten

Het Ingenieurshuis - Antwerpen

van 26/01/2021 tot 14/12/2021

New dimensions of adaptive manufacturing

B&R online event

woensdag 27 januari 2021

Alternatief fossiele brandstof voor stoomproductie

Webinar

vrijdag 29 januari 2021

Postgraduaat Vastgoedkunde

Leuven of Kortrijk

van 4/02/2021 tot 10/12/2021

Toekomst federaal energiebeleid

Webinar

woensdag 10 februari 2021

'Digital Twin' versterkt maakindustrie?

Online event

vrijdag 12 februari 2021

Keuze van de redactie

(21/1) Jan De Nul baggert met 100% duurzame drop-in biobrandstof

(20/1) Siemens combineert offshore productie van groene waterstof

(19/1) Gimv verkoopt telecomspecialist OTN Systems

(19/1) VINCI Energies heeft Legendre Conveyors overgenomen

(15/1) Campine start nieuwe antimoonrecyclage

(14/1) Solvay lanceert waterstofplatform

>> Meer blikvangers

ENGINEERINGNET.BE - Wetenschappers uit Nederland, Frankrijk en Mexico hebben in publiek beschikbare datasets van genetische code van SARS-CoV-2 een stukje RNA gevonden dat kenmerkend is voor dit specifieke coronavirus, en dat niet aanwezig is in andere coronavirussen of andere humane virussen.

Data scientist dr. Alejandro Lopez-Rincon van UUtrecht initieerde het onderzoek. “Het zijn 21 letters in een lange rij van 30.000 letters van het virus, die de computer geïdentificeerd heeft.”

Het team ontwikkelde vervolgens een zogenaamde primerset – ‘Utrecht U’ genoemd – die in de moleculaire PCR-test gebruikt kan worden om dit specifieke stukje RNA van SARS-CoV-2 te meten.

Met de nieuwe methode zijn ook sneltesten te ontwikkelen die bekende mutaties van het virus opsporen. Lopez-Rincon: “Afgelopen week is het ons in 16 uur tijd gelukt om ook van B.1.1.7 SARS-CoV-2, beter bekend als de ‘Britse variant’, een uniek stukje van de genetische code te vinden en daarvoor een primerset te ontwerpen."

"Deze primerset zou verder onderzocht en gevalideerd kunnen worden om zo onderscheid te kunnen maken tussen de huidige en deze nieuwe, besmettelijkere variant van SARS-CoV2.

Inmiddels is de receptuur voor de primerset waarmee in een PCR-test het gemuteerde virus te meten is, online beschikbaar gesteld. Labs in het VK, Canada en Pakistan hebben laten weten dat ze de Britse variant van het virus met de nieuwe primerset gaan vaststellen.

Voor het ontwikkelen van de methode werkten de wetenschappers met genetische virale datasets van ruim 550 personen die waren geïnfecteerd met een coronavirus, inclusief SARS-CoV-2.

De methode is nu volledig geautomatiseerd: vanaf nu kunnen ze op basis van datasets met virale sequenties van slechts enkele tientallen personen een uniek stukje van de genetische code van een nieuw virus identificeren en specifieke primersets ontwerpen voor PCR-testen.

Uiteraard moeten de nieuw ontworpen specifieke primersets eerst getest worden op goed gevalideerde monsters van geïnfecteerde mensen. << (Lydia Heida) (foto: drmicrobe - 123RF)

Reageren
Abonneer op onze nieuwsbrief

Mis ook dit niet...

Nieuwe biosensor regelt automatische medicijndosering

Helia Biomonitoring, een spin-off van TU/e, ontwikkelt nieuwe biosensoren voor continue meting van de concentratie van medicijnen in het bloed, om zo de dosering automatisch te regelen.

Rapport uitgebracht over hernieuwbare energie in Europa in 2018 en 2019

Een nieuw rapport van de EU, gecoördineerd door VITO/EnergyVille, stelt dat verbranding van biomassa voor meer emissies zorgt. De transportsector haalt voor 2020 10% aan groene energie niet.

VINCI Energies heeft Legendre Conveyors overgenomen

VINCI Energies Belgium neemt Legendre Conveyors over. Het derdegeneratie familiebedrijf is gespecialiseerd in transportsystemen en lijnmanagement, vooral in de drankenmarkt.

Port of Antwerp beperkt jaarverlies door record containeroverslag

De totale goederenoverslag van Port of Antwerp in 2020 bedroeg 231 miljoen ton cargo, een daling van 3,1%. Dankzij de containeroverslag beperkte de haven de terugvallende totale overslag.

RoboRana bundelt krachten met AI-speler Humain

Door de samenwerking kunnen zij organisaties beter ondersteunen bij succesvolle digitale innovatie door de juiste strategie te verbinden met de meest impactvolle technologie.

Antwerpse Covestro-vestiging verkrijgt ISCC Plus-certificering

Covestro heeft het ISCC (‘International Sustainability & Carbon Certification’) Plus-massabalanscertificaat verkregen voor haar productievestigingen in Antwerpen en Krefeld-Uerdingen.

Nieuwste Airbus A400M geleverd

Enkele maanden na Luxemburg nam ook de Belgische luchtmacht eind december het eerste van zeven Airbus A400M militaire transportvliegtuigen in ontvangst. Dit is de opvolger van de oude C130's.

Nieuwe methode voor efficiëntere omzetting biomassa

Door twee chemische reacties aan elkaar te koppelen, wordt biomassa nu directer en efficiënter omgezet naar bio-aromaten. TNO spin-off Relement gaat de methode in de markt zetten.

B&R vereenvoudigt het beheer van gebruikersgroepen

B&R heeft het centrale gebruikersbeheer op fabrieksniveau vereenvoudigd. Met de mapp UserX softwaremodule is het nu mogelijk diensten op basis van LDAP (Lightweight Directory Access Protocol) te gebruiken om gecentraliseerd beheer van gebruikers en -groepen te implementeren. Bijvoorbeeld met behulp van Active Directory van Microsoft. >>

Partners