Genetische code SARS-CoV-2 snel op te sporen via deep-learning

Onderzoek & Wetenschap 12/01/2021 16:36:35

Een internationaal team ontwikkelde een deep learning methode om een uniek stukje van de genetische code van SARS-CoV-2 te identificeren, voor sneller en nauwkeuriger testen.

Lees hieronder verder   
Verwant

Bouw Antwerps innovatief vaccincentrum van start gegaan

Kunstmatige intelligentie zoekt nieuwe antibiotica

Nieuwe biosensor regelt automatische medicijndosering

Robotchirurgie met een nieuw magnetisch systeem

Genetische code SARS-CoV-2 snel op te sporen via deep-learning

Arteriële regeneratieve prothesen stap dichterbij

>> Meer verwant nieuws
Carrièrekansen (meer)
Agenda

Alternatief fossiele brandstof voor stoomproductie

Webinar

vrijdag 29 januari 2021

Postgraduaat Vastgoedkunde

Leuven of Kortrijk

van 4/02/2021 tot 10/12/2021

Toekomst federaal energiebeleid

Webinar

woensdag 10 februari 2021

'Digital Twin' versterkt maakindustrie?

Online event

vrijdag 12 februari 2021

Interpack

Messe Düsseldorf

van 25/02/2021 tot 3/03/2021

Klimatisatie van gebouwen

Online

van 5/03/2021 tot 25/06/2021

Keuze van de redactie

(25/1) Deloitte opent nieuw duurzaam kantoor op West-Vlaamse innovatiecampus

(25/1) Pauwels Consulting heeft Nederlandse Javaspecialist overgenomen

(21/1) Jan De Nul baggert met 100% duurzame drop-in biobrandstof

(20/1) Siemens combineert offshore productie van groene waterstof

(19/1) Gimv verkoopt telecomspecialist OTN Systems

(19/1) VINCI Energies heeft Legendre Conveyors overgenomen

>> Meer blikvangers

ENGINEERINGNET.BE - Wetenschappers uit Nederland, Frankrijk en Mexico hebben in publiek beschikbare datasets van genetische code van SARS-CoV-2 een stukje RNA gevonden dat kenmerkend is voor dit specifieke coronavirus, en dat niet aanwezig is in andere coronavirussen of andere humane virussen.

Data scientist dr. Alejandro Lopez-Rincon van UUtrecht initieerde het onderzoek. “Het zijn 21 letters in een lange rij van 30.000 letters van het virus, die de computer geïdentificeerd heeft.”

Het team ontwikkelde vervolgens een zogenaamde primerset – ‘Utrecht U’ genoemd – die in de moleculaire PCR-test gebruikt kan worden om dit specifieke stukje RNA van SARS-CoV-2 te meten.

Met de nieuwe methode zijn ook sneltesten te ontwikkelen die bekende mutaties van het virus opsporen. Lopez-Rincon: “Afgelopen week is het ons in 16 uur tijd gelukt om ook van B.1.1.7 SARS-CoV-2, beter bekend als de ‘Britse variant’, een uniek stukje van de genetische code te vinden en daarvoor een primerset te ontwerpen."

"Deze primerset zou verder onderzocht en gevalideerd kunnen worden om zo onderscheid te kunnen maken tussen de huidige en deze nieuwe, besmettelijkere variant van SARS-CoV2.

Inmiddels is de receptuur voor de primerset waarmee in een PCR-test het gemuteerde virus te meten is, online beschikbaar gesteld. Labs in het VK, Canada en Pakistan hebben laten weten dat ze de Britse variant van het virus met de nieuwe primerset gaan vaststellen.

Voor het ontwikkelen van de methode werkten de wetenschappers met genetische virale datasets van ruim 550 personen die waren geïnfecteerd met een coronavirus, inclusief SARS-CoV-2.

De methode is nu volledig geautomatiseerd: vanaf nu kunnen ze op basis van datasets met virale sequenties van slechts enkele tientallen personen een uniek stukje van de genetische code van een nieuw virus identificeren en specifieke primersets ontwerpen voor PCR-testen.

Uiteraard moeten de nieuw ontworpen specifieke primersets eerst getest worden op goed gevalideerde monsters van geïnfecteerde mensen. << (Lydia Heida) (foto: drmicrobe - 123RF)

Reageren
Abonneer op onze nieuwsbrief

Mis ook dit niet...

Ontwikkeling zonnefolies voor ramen en zonnepanelen

TNO ontwikkelt met universiteiten en bedrijven functionele folies voor ramen en gebouwgeïntegreerde zonnepanelen, om 20% van het energieverbruik van gebouwen te besparen.

Jan De Nul baggert met 100% duurzame drop-in biobrandstof

Vanaf 1 februari zal Jan De Nul in opdracht van de Vlaamse Overheid, agentschap Maritieme Dienstverlening en Kust (MDK), zo’n 500.000 m³ zand op het strand van Raversijde aanbrengen.

Uniek resistentiegen tegen bladvlekkenziekte

Een internationaal consortium kan het resistente Stb16q-gen kloneren en succesvol in tarwe introduceren. Om zo de strijd aan te binden met de gevreesde schimmel Zymoseptoria tritici.

VIL IT-systemen leiden tot efficiëntere grenscontroles

In het project Digital Gateway2Governement werden systemen ontworpen voor gedigitaliseerde communicatie tussen de bedrijven en de overheidsdiensten die betrokken zijn bij de grenscontroles.

Groene waterstof moet energietransitie in Picardisch Wallonië versnellen

Luminus en het Agentschap voor Territoriale Ontwikkeling IDETA hebben een gezamenlijk project voorgesteld voor de ontwikkeling van vier groene waterstofstations in Picardisch Wallonië.

HTC-Enterprise als deel van de oplossing

HTC-Enterprise is een onderneming gegroeid uit de passie voor technologie en het ondernemerschap op zich. Het bedrijf biedt voor tal van bedrijven en sectoren een gepaste oplossing aan.

Kunstmatige intelligentie zoekt nieuwe antibiotica

Slimme software (kunstmatige intelligentie) van de Leidse en Wageningse universiteit doorzocht genomen van bacteriën en vond 42 clusters DNA die coderen voor eiwitten met antibiotica-werking.

DEME voert onderhoudsbaggerwerken op Schelde op LNG uit

Een dual fuel sleephopperzuiger van DEME voert sinds kort de onderhoudsbaggerwerken uit op de Schelde. Tijdens deze werken vaart het schip op LNG, een primeur in Vlaanderen.

Vernieuwde VPLog-i-R stroomsensor met Modbus interface

VPInstruments, fabrikant en wereldwijde leverancier van instrumentatie en monitoringssystemen voor perslucht en gassen, biedt nu een vernieuwde versie van de bewezen VPLog-i stroomsensor met een Modbus interface. De VPLog-i-R is het enige type Rogowski stroomsensor met RS485 (Modbus RTU) uitgang. >>

Partners