Genetische code SARS-CoV-2 snel op te sporen via deep-learning

Een internationaal team ontwikkelde een deep learning methode om een uniek stukje van de genetische code van SARS-CoV-2 te identificeren, voor sneller en nauwkeuriger testen.

Trefwoorden: #coronavirus, #deep learning, #genetische code, #moleculair, #mutaties, #PCR-test, #primerset, #RNA, #SARS-CoV-2, #UUtrecht

Lees verder

research

( Foto: drmicrobe - 123RF )

ENGINEERINGNET.BE - Wetenschappers uit Nederland, Frankrijk en Mexico hebben in publiek beschikbare datasets van genetische code van SARS-CoV-2 een stukje RNA gevonden dat kenmerkend is voor dit specifieke coronavirus, en dat niet aanwezig is in andere coronavirussen of andere humane virussen.

Data scientist dr. Alejandro Lopez-Rincon van UUtrecht initieerde het onderzoek. “Het zijn 21 letters in een lange rij van 30.000 letters van het virus, die de computer geïdentificeerd heeft.”

Het team ontwikkelde vervolgens een zogenaamde primerset – ‘Utrecht U’ genoemd – die in de moleculaire PCR-test gebruikt kan worden om dit specifieke stukje RNA van SARS-CoV-2 te meten.

Met de nieuwe methode zijn ook sneltesten te ontwikkelen die bekende mutaties van het virus opsporen. Lopez-Rincon: “Afgelopen week is het ons in 16 uur tijd gelukt om ook van B.1.1.7 SARS-CoV-2, beter bekend als de ‘Britse variant’, een uniek stukje van de genetische code te vinden en daarvoor een primerset te ontwerpen."

"Deze primerset zou verder onderzocht en gevalideerd kunnen worden om zo onderscheid te kunnen maken tussen de huidige en deze nieuwe, besmettelijkere variant van SARS-CoV2.

Inmiddels is de receptuur voor de primerset waarmee in een PCR-test het gemuteerde virus te meten is, online beschikbaar gesteld. Labs in het VK, Canada en Pakistan hebben laten weten dat ze de Britse variant van het virus met de nieuwe primerset gaan vaststellen.

Voor het ontwikkelen van de methode werkten de wetenschappers met genetische virale datasets van ruim 550 personen die waren geïnfecteerd met een coronavirus, inclusief SARS-CoV-2.

De methode is nu volledig geautomatiseerd: vanaf nu kunnen ze op basis van datasets met virale sequenties van slechts enkele tientallen personen een uniek stukje van de genetische code van een nieuw virus identificeren en specifieke primersets ontwerpen voor PCR-testen.

Uiteraard moeten de nieuw ontworpen specifieke primersets eerst getest worden op goed gevalideerde monsters van geïnfecteerde mensen.