Kunstmatige intelligentie zoekt nieuwe antibiotica

Onderzoek & Wetenschap 21/01/2021 8:29:11

Slimme software (kunstmatige intelligentie) van de Leidse en Wageningse universiteit doorzocht genomen van bacteriën en vond 42 clusters DNA die coderen voor eiwitten met antibiotica-werking.

Lees hieronder verder   
Verwant

Computersimulaties in 4D maken hartchirurgie veiliger

Gedaan met zweetluchtjes - artikel

SCK CEN en UGent onderzoeken wondgenezing met ‘Hyper­zwaarte­kracht­kuur’

FIBEr-labo erkend als ‘KU Leuven Kernfaciliteit’

Structurele schakelaars als middel tegen COVID-19

AI-technieken om biomedische data te ontsluiten

>> Meer verwant nieuws
Carrièrekansen (meer)
Agenda

Decanteercentrifuges

Online

van 9/03/2021 tot 10/03/2021

Belgian Offshore Days

Ostend Sea P’lace

van 17/03/2021 tot 18/03/2021

Ventilatie van gebouwen in de strijd tegen COVID-19

Live Webinar

dinsdag 23 maart 2021

Panel Building. Made Smarter

Online event

dinsdag 23 maart 2021

METAV Digital

online

van 23/03/2021 tot 26/03/2021

EEX-ATEX

Online cursus IE-net

van 30/03/2021 tot 31/03/2021

Keuze van de redactie

(5/3) Computersimulaties in 4D maken hartchirurgie veiliger

(3/3) Windparken profiteren van sterke stroming in lagere atmosfeer

(2/3) Lockheed Martin gunt Feronyl contract binnen het F-35 programma

(1/3) Start bouw allereerste Vlaamse opleidingscentrum voor farma en biotech

(25/2) Nieuw platform biedt correctere berekening CO2-voetafdruk

(25/2) ABO-Group neemt Frans sonisch boorbedrijf over

>> Meer blikvangers

ENGINEERINGNET.BE - Vandaag de dag raken steeds meer bacteriesoorten resistent tegen antibiotica. Daarom zijn nieuwe antibiotica nodig, maar de klassieke zoekmethode met kweekjes is uitgeput. In het laboratorium maken bacteriën niet alle antibiotica aan die ze genetisch in huis hebben.

Hoogleraar Moleculaire Biotechnologie Gilles van Wezel: 'Om in DNA het stukje code te vinden waarmee een mogelijk antibioticum wordt gemaakt, moet je op diverse dingen letten. Zo zitten alle genen die coderen voor antibiotica vlak bij elkaar in een cluster.'

'Verder moet er een gen bij zitten dat dicteert dat het te maken molecuul de bacteriecel uit gaat: de bacterie scheidt het antibioticum altijd uit. Ook moet het DNA niet in alle bacteriën voorkomen. Antibiotica worden namelijk maar door een deel van de bacteriën gemaakt: het is een gespecialiseerde functie. Wij namen als criterium dat het in 10 tot 30% van de onderzochte soorten moest zitten.'

Van Wezel werkte daartoe samen met Marnix Medema, bio-informaticus aan de Wageningen Universiteit. Medeam weet hoe je software kunt maken die bacterie-DNA kan doorzoeken.

Met de ideeën van Van Wezel en Medema ging promovendus Alexander Kloosterman aan de slag. Hij ontwikkelde software die bacteriegenomen kon doorzoeken op de criteria die hij samen met Van Wezel opstelde. In de DNA-code vond de software 42 nieuwe typen clusters van genen die aan de gestelde randvoorwaarden voldeden. Die konden dus mogelijk coderen voor 'precursors' die later eiwitten worden met antibiotica-werking.

Van Wezel: 'Een van die 42 clusters van genen voldeed het beste aan onze voorwaarden én kwam voor in een bacteriesoort waarmee wij makkelijk aan de slag konden in ons lab.' Het lukte om deze bacterie een kleine hoeveelheid van de stof pristinine te laten maken: de stof die gemaakt wordt met het gencluster dat de software had aangewezen.'

Pristinine behoort tot een nieuwe subklasse van lanthipeptiden, waartoe veel antibiotica behoren. Het bekendste voorbeeld is nisine, een veel gebruikt conserveringsmiddel in bijvoorbeeld kaas. De machinerie in de cel die pristinine opbouwt, wijkt zeer sterk af van die van nisine. Daarom herkende gangbare software het DNA dat ervoor codeert niet als mogelijk interessant. Met kunstmatige intelligentie is dat nu wel gelukt.

Waarvoor pristinine bruikbaar is, moet nog blijken. Ook de 41 andere genclusters die de nieuwe software aanwees, zijn interessant om verder te onderzoeken. Van Wezel: 'Ons werk is open science en iedere onderzoeksgroep kan ermee aan de slag.' << (Lydia Heida) (foto: kentoh - 123RF)

Reageren
Abonneer op onze nieuwsbrief

Mis ook dit niet...

Vlaanderen op tweede plek in Europees innovatieonderzoek

Het laatste Europese innovatieonderzoek toont dat de innovatiegraad in Vlaanderen voor 2016-2018 rond de 70% ligt. Daarmee behoort Vlaanderen tot de Europese top, enkel Estland doet beter.

Kunstmatige intelligentie: nieuwer is niet altijd beter - opinie

Wat triggert kopersverdriet? Sommigen voelen het al na enkele seconden na een impulsaankoop. We maakten het allemaal wel eens mee, maar dat maakt het er niet minder pijnlijk op.

Automatiseer met één voordelige kickstart

Heeft u weinig of geen ervaring? De SIMATIC S7-1200-starterkit is makkelijk, snel, compact en kostenefficiënt en bevat alle benodigde componenten om succesvol te automatiseren.

Opheffing moratorium leidt voorlopig niet tot meer faillissementen

Tijdens de maand februari 2021 gingen er 540 bedrijven failliet, een daling met 43% tegenover 2020. Januari en februari samengeteld toont 999 faillissementsuitspraken of 49,4% minder.

Project: software robots om administratieve routinetaken over te nemen

Het gebruik van databots, een toepassing van Robotic Process Automation (RPA), heeft het potentieel om automatisering snel en goedkoop toe te passen. VIL wil dit onderzoeken.

Start bouw allereerste Vlaamse opleidingscentrum voor farma en biotech

ViTalent en POM Antwerpen hebben het startschot gegeven voor bouw van allereerste opleidingscentrum voor farma en biotech in Vlaanderen. Vanaf begin 2022 worden opleidingen op maat aangebode

Watson-Marlow en Bredel vanaf nu onder één dak

De Watson-Marlow Fluid Technology Group (WMFTG) verzorgt vanaf nu de directe verkoop, de ondersteuning en de service van de industriële Bredel slangenpompen.

‘The 7 Transformations Experience’ - column

Hoe groot of klein ze ook is, en ongeacht de menselijke en financiële middelen waarover ze beschikt, uw onderneming is in staat om te evolueren. 'The 7 Transformations Experience' helpt.

Flexim lanceert nieuwe ultrasone flowmeters voor stoom

Met de FLUXUS ST en FLUXUS ST-HT serie kan verzadigde stoom gemeten worden zonder inbreng van sensors in de leiding of het openen van de leiding. Ook het verjongen van de leidingdiameters is niet langer nodig om de stoomsnelheid te verhogen voor het toe te passen meetprincipe, want de flow kan al gemeten worden vanaf 1cm/s.

Partners