ENGINEERINGNET -- Onderzoekers van het Nederlandse Centrum Wiskunde & Informatica (CWI) in Amsterdam hebben een nieuwe methode ontwikkeld om eiwitten met elkaar te vergelijken. Hierdoor kan de functie ervan beter worden achterhaald. De methode is vrij beschikbaar als online applicatie.
Eiwitmoleculen bestaan uit tientallen tot duizenden aminozuren die in complexe driedimensionale structuren in elkaar gevouwen zitten. Deze structuur bepaalt wat het eiwit doet. Om de functie van een onbekend eiwit te achterhalen, vergelijken met name biologen daarom vaak de structuur met dat van een bekend eiwit. Daarnaast zijn vergelijkingen ook bruikbaar in de evolutiebiologie: ze geven de evolutionaire relatie tussen eiwitten weer.
Omdat het correct vergelijken van eiwitten vanwege hun complexe structuur zo ingewikkeld is, gebruiken biologen computeralgoritmes om dit te doen. Maar over de te gebruiken methode zijn ze het nog altijd niet eens. “Er zijn veel criteria te bedenken waarop je eiwitten kunt vergelijken, waardoor er veel verschillende methoden in omloop zijn”, zegt onderzoekster Inken Wohlers. “Wij hebben geen nieuw criterium bedacht, maar pakken alle criteria samen die eerder bedacht zijn, en berekenen op basis daarvan de optimale oplossing. Zo kunnen we een exacte oplossing geven.”
De applicatie is te vinden op csa.project.cwi.nl
(KV)
