Nieuwe Nikhef-rekenclusters gaan meerekenen aan coronavirus

Het Nederlandse Nikhef zet nieuwe rekenclusters in de testfase eerst in voor het ontrafelen van eiwitstructuren van corona, voor het Rosetta@home project van de Universiteit van Washington.

Trefwoorden: #Baker Laboratory, #bedrijfswagens, #berekeningen, #Boinc, #CERN, #CERN, #computer, #corona, #datacenter, #eiwit, #grafische kaart, #lab, #Nikhef, #pandemie, #rekencluster, #vouweigenschap, #Washington

Lees verder

research

( Foto: Nikhef )

ENGINEERINGNET.BE - In totaal worden vier kasten met ruim 3.800 AMD-rekenkernen en 31 Terabyte werkgeheugen bijgeplaatst in het Nikhef-rekencentrum in Amsterdam, dat normaal voor de deeltjesfysica en berekeningen aan zwaartekrachtsgolven wordt gebruikt.

De Lenovo SR655 uitbreidingen, met onder meer ook veertien versnellerkaarten, lopen vooruit op de groeiende datastromen uit CERN, waar de Large Hadron Collider deeltjesversneller op termijn tienmaal zoveel gegevens gaat leveren.

Het Nikhef test voor die toekomstige datavloed nu al de benodigde computerinfrastructuur, die rekenkracht levert aan de Dutch National e-Infrastructuur. De nieuwe rekencapaciteit wordt gedurende die tests beschikbaar gesteld in de jaarlijkse ‘stampede’ van Dutch Power Cows, een team van ICT-platform Tweakers dat verspreide rekenkracht bundelt voor specifieke projecten.

De afgelopen maanden rekenden honderden Nederlandse computergebruikers al mee aan corona via het folding@home-project, dat op de achtergrond de grafische kaarten van computers gebruikt om vouweigenschappen van eiwitten te berekenen.

Daarbij wordt het bekende Boinc-platform gebruikt, dat pakketten berekeningen draait op computers wanneer die niet actief door de gebruiker worden gebruikt.

Het rosetta@home-programma doet iets vergelijkbaars met processoren van computers. Het project van het Baker Laboratory in Washington haalde onlangs het nieuws met het model van een belangrijk corona-eiwit dat daarna ook in het lab kon worden aangetoond. Daaraan hadden honderden deelnemers samen gerekend.

Dutch Power Cows doet de hele maand april mee met dit project. Het Nikhef verwacht ook na deze maand nog aan rosetta@home te blijven rekenen.

Het rekenwerk van het Nikhef-datacenter aan corona ligt in lijn met de wereldwijde inspanningen van onder meer deeltjeslabs als CERN, die waar mogelijk expertise en apparatuur beschikbaar stellen voor de aanpak van de pandemie.

CERN coördineert inmiddels een breed programma op dit gebied, waarbij rekencapaciteit wordt aangeboden en onder meer ook beademingsapparatuur wordt ontwikkeld en gemaakt.

Daarnaast stelt het inmiddels goeddeels gesloten lab in Genève bijvoorbeeld ongebruikte bedrijfswagens beschikbaar voor ziekenvervoer.