Analyse genoomsequentie kan sneller en goedkoper

Imec, UZ Leuven, KU Leuven, UGent, Agilent, Western Digital en BlueBee ontwikkelen unieke oplossing om genoomdata snel en kostenefficiënt om te zetten in nuttige informatie voor dokters.

Trefwoorden: #analyse, #gnoom, #gnoomsequencing, #imec

Lees verder

research

( Foto: screen Vimeo - imec )

ENGINEERINGNET.BE - Naar aanleiding van de internationale DNA-dag, stellen de zeven partners van het imec.icon-project GAP hun Genome Analytics Platform (GAP) voor.

Begin 2000 werd het eerste menselijke genoom gepubliceerd. De wetenschappelijke gemeenschap was het er toen over eens dat het uitlezen van het genoom slechts 1.000 dollar zou mogen kosten, waardoor het mogelijk zou worden om het voor elke patiënt beschikbaar te maken, om zo een betere en meer gepersonaliseerde behandeling te kunnen bieden.

Dit doel werd nu gerealiseerd. ‘Goedkope’ sequencing alleen bleek echter niet voldoende; verkregen data omzetten naar kennis of nuttige informatie is een cruciale volgende stap, en die vereist veel rekenkracht en dataopslag. Die analyse van genoomgegevens is daardoor nog te duur en duurt te lang (tot meerdere weken).

Onderzoeksgroepen en bedrijven in België hebben deze genoomanalyse-uitdaging nu aangepakt met het GAP-platform als resultaat, een uniek hardware en software platform dat cloud- en lokale rekenkracht en dataopslag combineert.

Hierdoor wordt het sequencen en analyseren van het volledige genoom betaalbaar voor ziekenhuizen en niet niet alleen voor onderzoeksdoeleinden (waarvoor het tot nu toe werd gebruikt), maar ook voor de behandeling van patiënten in de dagelijkse praktijk.

Het GAP-platform bestaat uit lokale hardware van Western Digital en een cloudoplossing van BlueBee. Geoptimaliseerde genoomanalysesoftware draait op het platform, dat op een unieke manier het werk flexibel en transparant verdeelt tussen het lokale rack (in het ziekenhuis aanwezig) en de cloud.

De volledige output van een sequencingmachine (48 genomen) kan op het GAP-platform verwerkt worden in slechts 48 uur. De genomen sequencen en analyseren neemt daardoor slechts 4 dagen in beslag, een recordtijd.

Agilent heeft de hybride platformoplossing al geïntegreerd in een eerste product, dat wordt getest door het UZ Leuven en het Departement Menselijke Erfelijkheid van de KU Leuven om patiënten beter te behandelen.