Nieuw mondiaal dataplatform koppelt genetische en metabole data

Het platform is opgezet door Wageningen University & Research en koppelt informatie over metabolieten, de organismes die ze produceren én het proces van metabolisme aan elkaar.

Trefwoorden: #aminozuren, #cellen, #data, #dataplatform, #genetisch, #hormonen, #koolhydraten, #metabolieten, #metabolisme, #metabool, #organismes, #stofwisseling, #Wageningen University & Research

Lees verder

nieuws

( Foto: WUR )

ENGINEERINGNET.BE - Metabolisme is het proces van stofwisseling in cellen waarmee mensen, planten en andere organismes metabolieten zoals aminozuren, koolhydraten en hormonen aanmaken.

Dankzij het nieuwe, mondiale dataplatform kunnen nu nog onbekende metabolieten sneller worden gevonden die bijvoorbeeld een antibiotische of antivirale werking hebben of bijdragen aan hogere gewasopbrengsten.

Initiatiefnemer Bioinformatics Group van Wageningen University & Research is gespecialiseerd in het ontwikkelen van algoritmen en software waarmee de structuur en functie van DNA en metabolieten van planten, bacteriën en schimmels kunnen worden ontrafeld en doorzocht op specifieke kenmerken.

In complexe samples blijft het achterhalen van de structuren van metabolieten en van het organisme dat hen produceert echter een zeer lastige uitdaging. Ook is het moeilijk om erachter te komen welke genen verantwoordelijk zijn voor de aanmaak van bepaalde metabolieten.

Het Paired Omics Data Platform moet dit gaan vereenvoudigen en er zo aan bijdragen dat nieuwe metabolieten sneller gekarakteriseerd gaan worden.

Het platform is tot stand gekomen in samenwerking met onderzoekers van het Netherlands eScienceCenter en de University of California San Diego. Zij hebben een consortium opgezet van ruim 100 wetenschappers uit meer dan tien verschillende landen.

Momenteel bevat het platform meer dan 4800 gekoppelde genomische en metabole datasets van diverse organismen en microbiële gemeenschappen.

“Wetende dat de wereldbevolking de komende decennia fors groeit hopen we te ontdekken in welke bacteriën metabolieten worden aangemaakt die plantengroei en gewasopbrengsten bevorderen”, zegt onderzoeksleider Justin van der Hooft.

“Je kunt ook in kaart brengen welke metabolieten een antibiotische of antivirale werking hebben en in welke organismen ze voorkomen. Dat is belangrijk vanuit het oogpunt van gezondheidsbevordering, en kan de noodzaak aantonen om bepaalde organismes en biodiversiteit in het algemeen beter te beschermen.”