ENGINEERINGNET.BE - Wetenschappers gebruiken nu nog vaak massaspectrometrie om eiwitten te identificeren. Hierbij worden bijvoorbeeld eiwitten in kleine fragmenten geknipt, die daarna door de massaspectrometer worden gemeten.
Op basis van de gegevens van deze kleine fragmenten reconstrueert een computer het eiwit. Maar door het opknippen van de eiwitten, kan waardevolle informatie verloren gaan.
"Bijvoorbeeld of het eiwit al dan niet een schadelijke structuur heeft die een ziekte veroorzaakt", aldus onderzoeker Mike Filius van TU Delft.
In eerdere studies toonden de Delftse onderzoekers al aan dat elk eiwit een unieke vingerafdruk heeft, net als de menselijke variant.
"We realiseerden ons dat we slechts een klein aantal van alle aminozuren van een eiwit hoeven te kennen, waarna we het kunnen vergelijken met alle tot nu toe bekende eiwitten”, aldus promovendus Raman van Wee van TU Delft.
“Deze aminozuren zijn te detecteren met moleculen die licht geven onder een microscoop, bevestigd aan kleine stukjes DNA die heel specifiek binden aan bepaalde aminozuren.”
Zo kan het team snel en met grote precisie een deel van de aminozuren identificeren om de structuur van het eiwit te bepalen. “Omdat de gevoeligheid van deze nieuwe techniek, genaamd FRET X, hoger is dan die van gangbare methoden zoals massaspectrometrie, kunnen we veel lagere concentraties eiwitten detecteren in een mengsel van andere biomoleculen”, zegt Filius.
Hoewel het onderzoek veelbelovend is, moet het Chirlmin Joo Lab van TU Delft de techniek nog verder ontwikkelen voordat toepassing op grotere schaal mogelijk is.
De onderzoekers hebben al wel met verschillende belanghebbenden in klinische laboratoria en de biofarmaceutische industrie gesproken. Deze partijen zijn enthousiast zijn over de baanbrekende potentie die de techniek heeft.
Verder werken de onderzoekers aan een start-up om van FRET X een platform te maken voor zeer gevoelige eiwit-herkenning. Dat platform kan ziekten in de vroegste stadia opsporen en de werking van mogelijke behandelingen verbeteren.
Aan dit onderzoek werkten ook de Wageningen University & Research en UUtrecht mee.
